انسفالیت خود ایمنی می‌تواند طیف وسیعی از علائم را ایجاد کند که از خفیف تا شدید متغیر است. علائم معمولاً به دو دسته تقسیم می‌شوند:

الف) علائم عصبی و فیزیکی:

• تشنج‌ها: یکی از علائم شایع این بیماری است و در حدود نیمی از بیماران مبتلا به انسفالیت خود ایمنی دیده می‌شود.

• ضعف عضلانی: ممکن است در برخی از بیماران ضعف در عضلات خاصی ایجاد شود یا توانایی حرکت در برخی بخش‌های بدن کاهش یابد.

• مشکلات حرکتی: از جمله مشکلاتی مانند لرزش، عدم تعادل یا هماهنگی، و حتی فلج در موارد شدید.

• سردرد شدید: معمولاً در بیمارانی که به انسفالیت خود ایمنی مبتلا هستند، سردردهای بسیار شدیدی رخ می‌دهد.

• مشکلات حافظه: بیمار ممکن است دچار مشکلات جدی در حافظه، به‌ویژه حافظه کوتاه‌مدت، شود. این می‌تواند منجر به فراموشی، گم کردن موقعیت‌ها یا حتی نام‌ها شود.

• تب و ناتوانی جسمی: تب، احساس خستگی و ضعف عمومی بدن نیز ممکن است مشاهده شود.

ب) علائم روانی:

• تغییرات رفتاری: بیماران مبتلا به انسفالیت خود ایمنی ممکن است تغییرات شدید رفتاری را تجربه کنند. این تغییرات می‌تواند شامل اضطراب شدید، افسردگی، توهمات، و حتی پرخاشگری باشد.

• اختلالات روانی: برخی از افراد ممکن است دچار اختلالات روانی مانند افسردگی بالینی، اختلالات اضطرابی، و حتی توهمات یا هذیان شوند.

• اختلال در تفکر و درک: مشکلات در تفکر منطقی، عدم توانایی در حل مسائل ساده، و حتی مشکلات در صحبت کردن یا درک گفتار دیگران ممکن است مشاهده شود.